赵贞吉奉旨审案，不料郑泌昌与何茂才竟要求去掉刑具设座答话，二人更是竭力将织造局乃至宫里牵涉其中，赵贞吉随即暂停审案。因海瑞一意追查真相，赵贞吉只得向谭纶交底，并称彻查贪腐必须保全圣名。海瑞负责审讯何茂才，何茂才最终道出了端午汛毁堤淹田的幕后主使。因郑泌昌与何茂才的供词多有毁谤圣上，赵贞吉以及锦衣卫要求更改供词，海瑞却认为此举属于欺君。